蔡元培对近代与现代中国教育、中国革命作出了不可磨灭的贡献，主要是：
一、自蔡元培始，中国才形成了较完整的资产阶级教育思想体系和教育制度。
二、他的“思想自由，兼容并包”的主张，使北大成为新文化运动的发祥地，为新民主主义革命的发生创造了条件。
三、为中华民族保护了一批思想先进、才华出众的学者。
他不仅为中国近现代资产阶级大学教育理论的形成打下了坚实的基础，而且其中许多真知灼见，如重视大学开展科学研究工作，提倡“思想自由，兼容并包”，注重发展学生个性，主张“沟通文理”，以及“依靠既懂得教育，又有学问的专家实行民主治校”等等也对后世产生了重大影响。