武功山也是天然的动植物园。多少珍禽异兽，奇花宝树生长在这里。如黄腹角雉、华南虎、短尾猴、水鹿、白鹇、娃娃鱼等就属于国家级重点保护动物。珍稀植物有台湾松、云锦杜鹃、猴头杜鹃、粗榧、水桠木、独花兰等。被誉为“植物三元老”的银杏树连片成林，最大的一株高达24.5米，树围12.1米，直树径3.63米，年逾千载,相传乾隆帝曾名这曰“山中树王”。
武功山的松品种繁多，古老巷劲，浓绿幽美，盘根错节，形态奇特，十进而台湾松更给人以浩瀚无边之感。武功山主要景观有：龙王潭、尽心桥、仙池、风火洞、三包盐、吊马栓、鸡冠岩、千丈崖、万松岩、潭口瀑、三叠泉、鸟龙潭、迎宾松等。